Jeszcze jako nastolatka próbowała swych sił w poezji. Potem na wiele lat zamilkła, by powrócić bardzo dobrze przyjętą przez krytykę powieścią "Podróż ludzi Księgi" (1993). Utwór ten jest czymś w rodzaju nowoczesnej paraboli. W warstwie dosłownej traktuje o nieudanej wyprawie po tajemniczą Księgę, w trakcie której na dwoje głównych bohaterów spływa wielka miłość. Rzecz dzieje się w XVII wieku we Francji i Hiszpanii, lecz nie koloryt lokalny jest tu najważniejszy, ale fascynacja Tajemnicą. W nieco bliższą naszym czasom przeszłość zapuściła się autorka pisząc drugą powieść – "E.E." (1995). Tym razem akcja utworu została osadzona we Wrocławiu początków XX wieku. Jej główną bohaterką jest Erna Eltzner (stąd E.E.), dorastająca panienka z polsko-niemieckiej rodziny mieszczańskiej, u której odkryto talenty mediumiczne. Tu również ujawnia się fascynacja tym, co tajemnicze i wymykające się ludzkiemu rozumowi.

Tokarczuk ze skrawków realnej historii buduje mit, to jest historię przesiąkniętą ładem, gdzie wszystkie wydarzenia, także te tragiczne i złe, mają swoje uzasadnienie. Przestrzeń zorganizowana jest na podobieństwo mandali – koła wpisanego w kwadrat, będącego geometrycznym wyobrażeniem doskonałości i pełni.

W innym tonie i gatunku została utrzymana kolejna powieść Olgi Tokarczuk "Dom dzienny, dom nocny" (1998). Określenie powieść jest tu dość mylące, ponieważ rzecz ta jest hybrydą tekstową, w której zgromadzono przeróżne zarysy fabuł i bardziej spójne opowieści, notatki o charakterze quasi-eseistycznym, prywatne zapiski itp. W istocie, "Dom dzienny, dom nocny" to najbardziej osobista książka pisarki i zarazem najbardziej lokalna. Tokarczuk bowiem wsłuchuje się w okolicę, gdzie na stałe mieszka (wieś w Sudetach na pograniczu polsko-czeskim). Z tych inspiracji wzięła się m.in. porywająca opowieść o średniowiecznej świętej Kummernis (Wilgefortis), kobiecie, którą Bóg wybawił przed niechcianym małżeństwem, dając jej męską twarz. "Dom dzienny, dom nocny" jest książką finalistką IMPAC, dublińskiej nagrody literackiej.

Olga Tokarczuk ogłosiła też esej w postaci osobnej książki "Lalka i perła" (2000), w którym zaproponowała nowe odczytanie powieści Bolesława Prusa z końca XIX wieku, utworu uchodzącego za arcydzieło polskiej sztuki powieściopisarskiej.

Po roku 2004 Olga Tokarczuk wydała dwie książki: "Anna In w grobowcach świata" (2006) oraz "Bieguni" (2007). Ta druga powieść została nominowana do Literackiej Nagrody Europy Środkowej ANGELUS, a także nagrodzona Nagrodą Literacką "Nike" 2008. W 2018 książka, której angielskie wydanie nosi tytuł "Flights" (tłum. Jennifer Croft), zdobyła prestiżową nagrodę Booker Prize.

"Anna In w grobowcach świata", znacząco różna od reszty dorobku pisarki, powstała w międzynarodowej serii "Mity". Uczestniczący w tym projekcie autorzy i autorki (m.in. Margaret Atwood czy – według zapowiedzi – Jacek Dukaj) piszą książki oparte na mitologicznych opowieściach. Olga Tokarczuk wzięła na warsztat sumeryjski mit o Inannie, władczyni urodzaju i wojny, udającej się do swojej siostry, bogini podziemia i śmierci, i niespodziewanie wracającej od niej do świata żywych. Możliwość tego powrotu uzyskana została za sprawą towarzyszki podróży bogini – Niny Szubur. Warunek umożliwiający powrót jest jednak bardzo surowy – Anna musi przyprowadzić do podziemi kogoś w zamian. Ofiarę ma stanowić jej dawny kochanek, ale połowę smutnego obowiązku pobytu w podziemiach bierze na siebie jego siostra.

Tym, co najbardziej zaskakuje w opisanej powieści, jest jednak nie odwoływanie się do mitologii, lecz powołanie do życia świata, w którym mit realizuje się w futurystycznym otoczeniu, przywołującym na myśl estetykę cyberpunku. Bohaterowie posługują się mapami holograficznymi, królestwo podziemi zostaje przedstawione, jako podziemia futurystycznego miasta, a Bogowie Ojcowie, których Nina Szubur prosi o pomoc, przypominają z kolei technokratów z jakiejś złowrogiej korporacji. Opisując "Annę In..." Przemysław Czapliński stwierdził, iż "Tokarczuk na tę jedną książkę wymyśliła gatunek, język i zupełnie nowy sposób mówienia", co wydaje się wielkim hołdem dla zdolności kreacyjnych pisarki.

Konstrukcja "Biegunów", złożonych z wielu splatających się ze sobą opowieści, przywodzi na myśl to, co autorka robiła w "Domu dziennym, domu nocnym". Można więc uznać, że Tokarczuk powróciła w tej książce do sprawdzonych rozwiązań.

Po "Biegunach" Tokarczuk wydała książkę pozornie lżejszego kalibru. "Prowadź swój pług przez kości umarłych" (tytuł jest cytatem z Williama Blake'a) to powieść kryminalna (nazywana była też thrillerem moralnym czy ekologicznym), w której atrakcyjna forma posłużyła przekazaniu ważnej wychowaczej treści: "Solidarność ze zwierzętami, najsłabszym, najokrutniej traktowanym ogniwem łańcucha władzy, jest symbolem sprzeciwu wobec patriarchatu" – mówi pisarka.

Fabułę tak streszczał Juliusz Kurkiewicz na łamach "Gazety Wyborczej" (książka była nominowana do Nagrody Nike):

W niewielkiej osadzie w Kotlinie Kłodzkiej giną mężczyźni. Wszyscy z zamordowanych byli zapalonymi myśliwymi. Półmafijne porachunki? A może zemsta zwierząt?

Bohaterka książki Janina Duszejko – kiedyś inżynier mostów, dziś wiejska nauczycielka angielskiego, geografii i dozorczyni domów letniskowych, interesująca się też astrologią i pałająca miłością do zwierząt – ma swoją teorię. Ale jak łatwo przewidzieć, nikt nie przejmuje się kobietą, która uważa, że świat jest odbiciem tego, co zapisane w gwiazdach, a w wolnych chwilach czyta Williama Blake'a.

W "Prowadź swój pług" Tokarczuk przeprowadza szeroką krytykę patriarchalnych, antropocentrycznych założeń, na jakich opiera się tradycyjny świat (nośnikiem tych dość konserwatywnych idei czyni Kościół katolicki) i bierze stronę naszych cierpiących braci zwierząt. O swojej książce mówiła, że jest jak najbardziej polityczna:

Jest polityczna w tym najszerszym rozumieniu polityczności jako wartościowania tego, co się wokół nas dzieje, i opowiadania się po jakiejś stronie tych wydarzeń.

W 2017 Agnieszka Holland przeniosła powieść na srebrny ekran. Film zatutułowany "Pokot" miał swoją premierę na niemieckim Berlinale i został nagrodzony Srebrnym Niedźwiedziem.

Od kilku lat nęci mnie idea napisania powieści, w której świat funkcjonowałby inaczej. Nie działałyby w nim pewne oczywiste założenia. Wierzę, że uznawanie czegoś za oczywiste wcale nie wiąże się z kwestią faktów, lecz raczej umowy społecznej i przyzwyczajeń naszego umysłu, tym samym należy bardziej do dziedziny psychologii niż fizyki.

W 2014 roku ukazały się "Księgi Jakubowe", epicka opowieść o Jakubie Franku, żydowskim mesjaszu żyjącym w XVII wieku na wschodnich rubieżach Rzeczpospolitej. O tej postaci Tokarczuk pisała już w 2006 roku na łamach "Twórczości" (zobacz na Culture.pl).  Za "Księgi Jakubowe" autorka w 2015 roku otrzymała Nagrodę Literacką "Nike" (po raz drugi, po "Biegunach" w 2008 roku). 

Autorka "Ksiąg Jakubowych" i ich  tłumacz na język szwedzki Jan Henrik Swahn w październiku 2016 roku zostali pierwszymi laureatami Międzynarodowej Nagrody Literackiej Kulturhuset Stadsteatern (czyli Domu Kultury i Teatru Miejskiego) w Sztokholmie.

Wybrałam dla nich ramę tytułową, czyli słowo "bizarne", ponieważ myślę, że ich wspólnym mianownikiem jest penetrowanie obrzeży naszego doświadczenia i mierzenie się z nowymi tematami, które pojawiają się w polu naszych zainteresowań, lęków, niepokojów. Kwestia klonowania, ciała, samotności człowieka, niemożności pojęcia świata, ról społecznych i naszej pozycji w tych rolach. Na ile jesteśmy konstruowani przez zewnętrzne oczekiwania, a na ile sami mamy jakąś siłę sprawczą?

Tuż po wydaniu zbioru samej Tokarczuk udało się przyćmić jego premierę – w maju 2018 roku uhonorowana została prestiżową Międzynarodową Nagrodę Bookera za powieść "Bieguni", która po angielsku zaistniała dzięki Jennifer Croft jako "Flights".

I choć Booker to duże wyróżnienie, wkrótce pisarkę czekał jeszcze bardziej spektakularny moment. W 2019 roku zdobyła Literacką Nagrodę Nobla (formalnie jest laureatką za 2018 rok – nie przyznano wówczas nagrody z uwagi na skandale w Akademii Szwedzkiej). Akademia doceniła Tokarczuk za wyobraźnię narracyjną, która z encyklopedyczną pasją reprezentuje przekraczanie granic jako formę życia.

Figura czułego narratora, która pojawiła się w wykładzie Tokarczuk, powróciła w tytule jej pierwszej książki, która wydana została już po Noblu. Zbiór "Czuły narrator" ukazał się w listopadzie 2020 roku. Tokarczuk zebrała w nim dwanaście wykładów i esejów z różnych lat.

Noblistka napisała również scenariusz do segmentu antologii filmowej "Erotica 2022", w ramach której pięć reżyserek połączyło siły z pięcioma pisarkami, by przenieść na ekran swoje wyobrażenia o tym, jak wyglądać będzie kobieca erotyka w dystopijnej przyszłości. Tokarczuk napisała scenariusz do "Znikania Pani B.", noweli wyreżyserowanej przez Annę Kazejak. Główną rolę – tłamszonej przez męża, niewiele mówiącej kobiety, która postanawia zbuntować się przeciwko dotychczasowemu życiu – zagrała Agata Buzek.